古蛋白研究 中国实验动物信息网 2020-10-22 620

　　*近，中国科学院脊柱古生物学与古生物学研究所的饶慧云博士，刘金义研究员，张智副研究员分别是中国科学院大学的杨益民教授，哥本哈根南兴大学的韦斯特伯里教授和我们与邵青副教授一起工作。通过蛋白质序列和系统发育分析，我们将研究东亚斑点鬣狗化石的分类以及与非洲现有物种的可能基因交换。

　　斑鬣狗（CrocutaCrocuta）是Crocuta属的一种，目前分布在撒哈拉以南非洲。在地质时期，它几乎占领了欧亚大陆，被称为洞穴鬣狗。目前，对斑点鬣狗起源和进化的了解还不统一、通过形态学，线粒体基因和核基因获得的结果也不同（图1）。但是，大多数分子数据来自欧洲，而在亚洲却没有得到很好的研究。只有四个站点可获取有效的DNA数据，因此我们需要添加更多数据。

　　斑鬣狗化石在东亚广泛分布，从普雷斯托森中期到更新世早期都居住在日本。目前，已经发现了数十个化石斑，并为研究提供了物理数据。有些地点，例如灵仙洞（Uranium date\→ 99ka），不足以进行多种古代DNA分析。该研究在中国北方的三个地点（包括陵县洞）进行了研究，同时考虑了DNA的存储限制。 Cave Hyena进行古老的蛋白质分析以获得各种内源蛋白质（图2）。通过多种酶消化方法可以增加肽的覆盖率。 I型胶原蛋白的覆盖率已超过80％。结合数据库搜索和分析的从头序列，确定了东亚洞穴鬣狗中的多个突变位点。本研究获得了洞穴鬣狗的古代蛋白质序列。它为将来的相关研究提供了参考序列，并增加了东亚洞穴鬣狗的新分子数据。根据蛋白质序列进行的系统发育分析表明，东亚的洞穴鬣狗分为两组，其中一组与北非的活斑鬣狗组成。这与反映1.03 Ma之前的东亚结果的核基因结果不同。在北部非洲，洞穴鬣狗和斑点鬣狗之间可能存在基因交换。这项研究表明，古老的蛋白质分析具有系统发育重建的潜力，并且可以在更长的时间范围和更广泛的范围内发现分子证据。

　　相关研究成果已发表在《科学报告》上，研究活动由中国国家自然科学基金，中国科学院战略领导科学与技术计划（B类），美国国家当代古生物学与分层研究所开放项目以及中国科学院青年创新促进会开展。